1830년(분세이 13년), 가즈사노쿠니 야마베군 나카무라(지바현 도가네시) 요시이 사효에의 장남으로 태어났다.

유학자 세키 슌스케의 양자가 되고, 사쿠라의 사토 타이젠의 문하에 들어가 의학을 수업했다. 초시에서 개업했지만 하마구치 고료의 권유에 의해 나가사키의 폼페 밑에서 서양 의학을 습득했다.

그 후, 도쿠시마번으로부터 초대받아 시의가 되었지만, 보신 전쟁에서는 오우 출장 병원 두취로서 활약하고, 도쿠시마 의학교의 창설 등에 힘을 쏟았다. 한때 해군 병원에 근무하고, 야마나시 현립 병원 제2대 원장으로서 업적을 올렸지만, 도쿠시마현으로 돌아온 후에는 녹적 모두 봉환하고 히가시고텐 터(도쿠시마초 1초메 현재의 조토 고등학교)에서 개업하여, 지역 의료에 힘썼고, 세키 의원에 이르는 길은 도쿠시마 사람으로부터 세키노코지라고 칭해졌다.

간사이 부부 금혼의 축하를 받은 후에 일본의 산업 발전을 위해 필요한 땅으로서 주목받은 홋카이도의 개척을 뜻했다. 그때 이미 연령 70세, 사남 마타이치는 삿포로 농학교에 재학 중이었다. 이시카리 타루카와 농장을 개척하고, 더욱이 오지인 도카치노쿠니 톰마무의 땅에 입식한 것은 1902년(메이지 35년), 72세의 고령이었다.
니노미야 다카치카가 경영하는 니노미야 농장의 자작농 육성에 개척의 방침을 구하고 적선사를 결사했다. 또한 도쿠토미 로카와의 교우를 깊게 하고, 톨스토이의 사상에 공명과 이상적 농촌 건설을 목표로 했지만, 아들 요사쿠, 마타이치에게 뜻을 맡기고 스스로 그 생명을 끊은 것은 82세의 가을이었다.