1830년(문정 13년), 가미소국 야마나베군 나카무라(지바현 도가네시)에서 요시이 사베에의 장남으로 태어났다.

　유학자 세키 슌스케의 양자가 되어 사쿠라의 사토 타이넨(佐藤泰然)의 문하에 들어가 의학을 수련한다. 조시에서 개업했으나 하마구치 오링의 권유로 나가사키의 폼페에게 서양 의학을 배웠다.

　그 후, 도쿠시마번의 초청으로 시종이 되었으나, 무신정변 때는 오우 출장 병원장으로 활약하며 도쿠시마 의학교의 창설 등에 힘을 쏟았다. 한때 해군병원에 근무하며 야마나시현립병원 제2대 원장으로 업적을 쌓았지만, 도쿠시마현에 돌아온 뒤에는 봉록과 호적을 모두 봉환하고 동궁터(현재 도쿠시마초 1초메 성동고등학교)에서 개업하여 지역 의료에 힘썼으며, 세키의원에 이르는 길은 도쿠시마 사람들에 의해 세키의 오솔길로 불리기도 했다.

　간사이 부부의 금혼 축하를 받은 후 일본의 산업발전을 위해 필요한 땅으로 주목받은 홋카이도 개척을 꿈꾸었다. 당시 이미 70세였던 넷째 아들 마타이치는 삿포로 농학교에 재학 중이었다. 이시카리 타루카와 농장을 개척하고 더 안쪽인 토카치국 두만 지역에 정착한 것은 1902년(메이지 35년), 72세의 고령이었다.
니노미야 존친이 경영하는 니노미야 농장의 자작농 육성을 위해 개척 정책을 요구하며 적선사를 결사했다. 또한 도쿠토미 로카(徳富蘆花)와 교우를 맺으며 톨스토이의 사상에 공감하고 이상적 농촌 건설을 목표로 했으나, 82세 가을에 자손에게 뜻을 맡기고 스스로 목숨을 끊었다.